施工阶段是建设项目由“纸上谈兵”变为“项目实体”形成固定资产的实施过程，也是项目投资能否实现立项决策时所预期的经济效益目标的关键阶段。该阶段最重要的问题就是要实现技术与经济的最-佳结合及相关职能部门的通力协作。因此，工程造价，内审部门要重点关注“三大主体”、“三大目标”：（1）审查企业工程管理部门、中介监理单位以及施工单位是否根据各自的职责范围，建立健全了相应的内控制度并有效执行；（2）审查“三大主体”间是否形成了相互配合、相互制约的管理机制，项目管理，以确保工程施工期间各环节的畅通；（3）审查工程质量、工期、造价“三大目标”在施工阶段是否得到有效控制，如：工程变更（包括工程量、工程项目、进度计划、施工条件等变更）是否建立了严格的审批程序；工程索赔是否以国家规定或合同约定的依据、进度计划、原则执行；工程验收、资金到位是否严格按合同约定执行等等。
设计阶段是建设项目由计划变为现实具有决定意义的工作阶段，也是工程项目造价控制的关键阶段。拟建工程的进度、质量能否保证，投资能否节约，在很大程度上取决于设计质量的优劣，因此，审计人员对本阶段要格外关注：（1）审查项目是否采用了“限额设计”法，各专业指标分解是否到位，是否设立了较强的设计审查小组，是否有相应的奖罚机制来确保设计质量；（2）分析设计方案是否运用了“价值工程”进行优化，是否着眼于项目的寿命周期成本，造价，而非仅仅考虑投资成本；（3）复核设计概算的正确性，分析概算是否严格按照批准的可研报告所要求的建设标准及定额规定编制，有无擅自提高装备水平的现象等等。
项目竣工验收是工程建设全面结束的重要标志，在很大程度上反映出工程建设的成败。这一阶段审计的要点是对完工程度和工程质量的审查核实，具体包括以下内容：工程竣工验收是否符合有关条件，验收是否严格按工程施工质量验收规范执行；是否存在因设计不合理，导致工程不能发挥效益的问题；工程设备内在质量是否存在问题；有无完整的技术档案和施工管理资料，是否签订了工程保修合同。
