对项目投入运营后的审计，主要是检查预期目标的实现情况。一个好的项目，有了一定的投入，不一定就能产生好的效益。管理不善、作业组织不科学，都可能影响项目效益的发挥。在这一环节的审计中，审计人员应重点做好以下工作：通过对项目可行性研究报告数据与实际运营数据的对比，分析项目预期的目标是否达到，主要效益指标是否实现；通过分析评价找出未实现预期目标的原因，找出存在的问题，工程造价管理，总结经验教训，采取应对措施，造价，以改善经营管理，减少经济损失；同时，通过及时有效的信息反馈，工程造价公司，为未来的同类工程项目决策提供建议，促进工程投资决策更加科学合理，提高项目决策、管理和建设的水平。
审计中发现的主要问题 施工单位在编制预算时有意少计工程量、少报工程造价。其中少报工程造价25.79万元;而在编制结算时，违反工程量计算规则，多计工程量，如零星砌体、综合脚手架、现浇过梁、预应力空心板、构建运输、水泥砂浆找平层等;错套高套定额，如现有浇筑梁板、预支构件安装、水泥炉渣垫层、地面防滑砖、外墙干粘土等;材料调差，单价取定错误，造价工程师，如φ12钢筋、粗砂、砖石、瓷砖、脚手架钢管等远高出信息价;由于施工过程中，设计变更多，也造成工程造价高于预算。
注意定额套用的标准
定额单价确定了定额子项工程的单位价值。套用定额分为直接套用与换算套用。对直接套用的审计，通过对实际套用定额价格与定额规定的价格是否相符加以对比进行审查，着重应对主要材料、主要机械、人工等价格进行审计，审查套用定额有无就高不就低或多套定额的问题。对换算套用除完成对直接套用的审查工作外，还要审查对应该换算的材料是否按规定进行换算及换算方法是否合理、正确。
