施工阶段是建设项目由“纸上谈兵”变为“项目实体”形成固定资产的实施过程，也是项目投资能否实现立项决策时所预期的经济效益目标的关键阶段。该阶段最重要的问题就是要实现技术与经济的最-佳结合及相关职能部门的通力协作。因此，内审部门要重点关注“三大主体”、“三大目标”：（1）审查企业工程管理部门、中介监理单位以及施工单位是否根据各自的职责范围，建立健全了相应的内控制度并有效执行；（2）审查“三大主体”间是否形成了相互配合、相互制约的管理机制，以确保工程施工期间各环节的畅通；（3）审查工程质量、工期、造价“三大目标”在施工阶段是否得到有效控制，如：工程变更（包括工程量、工程项目、进度计划、施工条件等变更）是否建立了严格的审批程序；工程索赔是否以国家规定或合同约定的依据、进度计划、原则执行；工程验收、资金到位是否严格按合同约定执行等等。
资格预审，确定合格的投标申请人
审查、分析投标申请人报送的资格预审申请书的内容，招标人如需要对投标人的投标资格合法性和履约能力进行全面的考察，可通过资格预审的方式来进行审核。招标人可按有关规定编制资格预审文件并在发出三日前报招标投标监督机构审查，资格预审应当按有关规定进行评审，资格预审结束后将评审结果向招标投标监督机构备案。备案三日内招标投标监督机构没有提出异议，招标人可发出'资格预审合格通知书'，并通知所有不合格的投标人。
项目施工阶段的造价审计
施工阶段，工程预算，合理地确定部分主材单价也是很关键的。由于新工艺与新材料的不断出现，市场材料，由于品牌，雅安造价，质量等因素的影响，价格差异相当大，这就要求审计人员对各种工程材料的市场行情，工程造价资质，有相当程度的熟悉。建筑材料费，通常会占比工程建安造价的50～60％左右，工程造价咨询，因此合理认定材料价格非常重要。 由于定价太高而推高工程造价的情况时有发生，对工程审计与工程款支付，产生非常不利的影响。
